Transferin yapılacağı güne kadının yaşı, tedavi öyküsü, embriyoların sayı ve kalitesi gibi birçok faktör değerlendirilerek karar verilir. Embriyo transferi IVF işleminin son basamağı olan önemli bir işlemdir. Ağrısız bir işlemdir ve anestezi gerektirmez. Embriyo transferi öncesi çiftlere transfer edilecek embriyonun kalitesi ve son durumu hakkında bilgilendirme yapılır. Transfer işlemi, embriyonun rahim içine en uygun yere transfer edilmesi için dolu mesane (idrar torbası) ve ultrasonografi eşliğinde yapılır. Embriyolog tarafından bir kateter içinde getirilen embriyo, transferi yapacak doktor tarafından rahmin üst kısmının yaklaşık 1cm aşağısına bırakılır ve kateter çıkarılır. Transferden sonra yatar pozisyonunda 2-3 saat gözlem odasında dinlendirilerek taburcu edilir. Anne adayı en az 24 saat aktif hareketlerden, yorucu yolculuklardan kaçınmalıdır. Ertesi gün ise günlük yaşam aktivitelerine dönülebilir.
İşlem sonrası, destek amaçlı hastaya enjeksiyon, fitil veya krem şeklinde hormon ilaçları verilir. Transfer sonrası kasık ağrıları olabilir fakat bulantı, kusma, karında şişkinlik ve idrar miktarında azalma gibi şikayetler gelişirse mutlaka doktora haber verilmelidir. Embriyo transferini takiben 12. günde kandan gebelik testi (Beta HCG) yaptırılır. Testin pozitif çıkması halinde iki gün sonra test tekrarlanır ve gebelik hormonunun yükselmesi takip edilir. Bundan yaklaşık 3 hafta sonra hasta kontrole çağrılarak ultrasonografi ile gebelik durumu değerlendirilir. 2010 yılında yürürlüğe giren son tüp bebek yönetmeliğine göre 35 yaşa kadar birinci ve ikinci uygulamada tek embriyo, üçüncü ve sonraki uygulamalarda iki embriyo, 35 yaş ve üzerindeki tüm uygulamalarda en fazla iki embriyo transfer edilebilir. Transfer sonrasında iyi kalitede embriyo/embriyolar kalmışsa dondurulup saklanabilir. Dondurulan embriyoların istek dahilinde tekrar çözdürülüp kullanılması halinde dondurma ve çözdürme sürecini takiben embriyoların yaklaşık 2/3’ünün hayatta kalabileceği de unutulmamalıdır.